Las obras comenzaron bajo la dirección del maestro mayor Diego de Riaño. En enero de 1527 empezaron a llegar cargamentos de piedras de Utrera que habían sido contratadas con los canteros Juan y Francisco García.
En marzo de 1527 el herrero Juan Doncel
proporcionó a Diego de Riaño herramientas para los canteros de la obra. Entre
los primeros trabajadores figura como aparejador Arnao. En la obra participaron
canteros de Sevilla, las Vascongadas y Francia. A lo largo de 1528 fue
llegando más piedra de Utrera y de El Puerto de Santa María. Las obras
fueron paralizadas el 24 de diciembre de 1529 por falta de fondos.
No sería hasta finales de este siglo, en 1573, cuando se concluirían la obra con la colocación de vidrieras, rejas y el artesonado dorado.
Ya, en el siglo XIX, se expropiaron las casas colindantes a este edificio para realizar una ampliación del mismo y que toda la plaza de San Francisco fuera de propiedad municipal.
